剧本质量遭疑
《孤舟》上映后，剧本遭到了不少批评。众多观众认为首集制作粗糙，仿佛只打磨了十天。原本紧张刺激的营救场面，却处理得如同儿戏。此外，谍战部分显得过于简单，充斥着不少低智情节，细节处漏洞百出，剧情推进生硬，让人感觉像是东拼西凑。大家普遍觉得这样的剧本太过轻率。
观众们反映，观看该剧后，他们开始质疑知名编剧姜伟只是名义上的编剧，《孤舟》的剧本质量与他的代表作《潜伏》相比差距明显，这种巨大的差距使得大家对剧本质量的疑虑更加深重。
张颂文角色争议
张颂文扮演的周知非一角引起了众说纷纭。有的人觉得他在家中和公共场合的表现迥异，让观众得以窥见角色的另一面。然而，也有人觉得这个角色特征不够突出，总让人联想到“高启强”，缺乏与“高启强”截然不同的感觉。
人们担忧张颂文频繁参与主旋律影视，其角色设计可能陷入陈规，让观众一眼就能看透的主角形象难以引起他们的兴趣。他过往塑造的经典形象深入人心，但在《孤舟》中的表现并未达到一些观众的预期。
曾舜晞演技遭批
曾舜晞初次涉足谍战剧领域，其演技未能得到观众认可。作为男主角，他受到质疑，被认为无法胜任主角的重任，难以与张颂文对戏。众多观众认为他的表现难以支撑谍战剧所要求的紧张和刺激。
有人提到，男主角在剧中展现了成长轨迹，起初几集处于新手阶段，随着剧情推进，他的角色也会逐步提升。然而，多数观众目前觉得他的演技有待提高，至于他能否有所进步，还需关注剧情的进一步发展。
王玉雯演技争议
王玉雯常出现在偶像剧中，这次她尝试民国谍战片，造型令人眼前一亮。然而，她的演技却引发了不小的争议。在表情处理上，有人评价她的五官动作过于夸张，未能充分展现角色的情感和心境。
粉丝指出，起初的角色是个缺乏经验的生手，表演多显紧张，他们建议观众耐心观看。然而，不少观众对她现在的表现并不满意，认为她的演技有待提高，难以融入谍战剧的情境。
女主番位事件
陈都灵和王玉雯在剧中表现较弱，让人感觉她们可能无法胜任大场面。有人认为这或许是因为角色设定。虽然她们的造型有可取之处，但谍战剧更注重演技，至于她们能否凭借实力在剧中立足，目前尚无定论。
剧集播出后，陈都灵的粉丝因番位排序问题进行了维权。剧方将原本排在第三的陈都灵改至第四位，而原本的第二番女二王玉雯则升至第二。这种做法缺乏契约精神，导致粉丝不满，剧方在处理角色番位上引发了不小的麻烦。
感情戏份吐槽
剧中男主角与女主角、另一位女配之间的感情戏引发了不少争议。首集一开始就展示了男主角与女配的恋爱场景，网友们纷纷表示“一开始就谈恋爱让我感到很意外”，普遍对这种剧情安排表示不满。
陈都灵在最新剧集里的戏份不多，这让许多网友感到困惑，不清楚谁是女主角。剧本中男女主角的感情发展模糊不清，女主角似乎只是剧情中的工具人，这样的设定让观看体验大打折扣。原本应该增加剧集吸引力的感情戏，却反而招致了不少负面评价。
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